一九一七年七月六日，太炎先生不辞而别了家小，随中山先生南下广州，组织护法军政府。在广州，太炎先生回答记者问时说;“余此次与孙中山来粤，即欲切实结合多数有力者，大起护法之师，扫荡群逆。凡乱法者必诛，违法者必逐。然后真正共和之国家，始得成立。”
 

不久，护法军政府成立，中山先生就任大元帅，任命太炎先生为护法军秘书长。太炎先生为中山先生撰写了《代拟大元帅就职宣言》，号召“天下共击破坏共和者”，全文词严义正，对破坏共和的北洋军阀大施挞伐。在中国革命的又一紧要关头，中山先生与太炎先生再度合作，共挽共和。